Según la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal (LOAPF) y la Ley Orgánica del Poder Ejecutivo, en el caso de la Ciudad de México, dependen directamente del presidente o del jefe de gobierno de la Ciudad de México.
La ley federal señala que las secretarías de Estado tienen igual rango y entre estas no hay, por lo tanto, preeminencia alguna.
Cada secretaría de Estado formula, respecto a los asuntos de su competencia, los proyectos de leyes, reglamentos, decretos, acuerdos y órdenes del presidente de la República.
Las secretarías de Estado cuentan además con oficinas de representación en las entidades federativas o, según sea el caso, en regiones geográficas que abarquen más de una entidad federativa.
Tienen también órganos administrativos desconcentrados, los cuales les están jerárquicamente subordinados y tienen facultades específicas para resolver sobre la materia y dentro del ámbito territorial que se determine en cada caso.
Los secretarios de Estado son entonces funcionarios subordinados jerárquicamente al presidente de la República y responden personalmente ante él, quien selecciona libremente a sus colaboradores sin injerencia de otro poder. También puede removerlos.
El gobierno federal y cada secretaría pueden contar con órganos administrativos descentralizados, cuyas principales características son estas:
- Poseen personalidad jurídica y patrimonio propios.
- Tienen autonomía jerárquica respecto al órgano central.
- Tienen por objeto la realización de actividades correspondientes a las áreas estratégicas o prioritarias; la prestación de un servicio público o social o la obtención o aplicación de recursos para fines de asistencia o seguridad social.
- Son tutelados y vigilados por parte de la administración central, ya sea por el gobierno federal o por parte de las Secretarías de Estado, en el caso de los órganos administrativos descentralizados sectorizados.
De esta forma, el Instituto Nacional de las Mujeres (Inmujeres) es un organismo público descentralizado del gobierno federal, que cuenta con personalidad jurídica y patrimonio propio, pero que está sujeto a la vigilancia y control de la Administración Pública Federal.
Por lo que ahora, al ser "elevado" a Secretaría de Estado, la nueva Secretaría de las Mujeres será parte de la Administración Pública centralizada, es decir, ahora dependerá de manera directa del gobierno federal, tendrá más funciones y atribuciones concretas y contará con un mayor presupuesto.
En el caso de la Ciudad de México, los órganos desconcentrados también son creados mediante un acuerdo que es publicado en la Gaceta Oficial de la Ciudad de México por el jefe de Gobierno o por Ley del Congreso Local.
De igual manera, esos órganos están jerárquicamente subordinados a la Jefatura de Gobierno o a la dependencia que se determine y tienen atribuciones especificas.