El Tren Maya provocará en el sureste de México tal crecimiento poblacional a corto plazo que, en 2030, tan solo cinco ciudades por donde pasarán las vías (Mérida, Cancún, Playa del Carmen, Ciudad del Carmen y Campeche) y sus áreas de influencia acapararán casi tanta agua como lo que actualmente se consume en toda la península, lo cual traerá afectaciones a la seguridad y sostenibilidad hídrica, de acuerdo con el Consejo de Cuenca de la Península de Yucatán.
En el Programa Hídrico Regional 2020-2024 , donde se realiza un balance del estado de salud del recurso en la región y se exponen modelos prospectivos, se advierte sobre las amenazas que se ciernen sobre el agua por megaproyectos como el Tren Maya, obra estrella del gobierno de Andrés Manuel López Obrador, y el cambio climático.