Casos polémicos
Caso Cuevas–Morán: En julio de 2020 se ejerció acción penal contra Laura Morán Servín, la expareja de Federico Gertz, y su hija Alejandra Cuevas, acusadas por la muerte del hermano del Fiscal General de la República Alejandro Gertz Manero.
Fue hasta el 2 de octubre de 2020 en que se giró orden de aprehensión en su contra, vinculadas a proceso, y recluidas en el Penal de Santa Martha.
Una carta publicada por Julio Scherer, exconsejero jurídico de la Presidencia, reveló que recibió del procurador Gertz Manero una solicitud para intervenir en contra de su familia política y Ernestina Godoy, fiscal de la Ciudad de México negó haber actuado en este caso de forma dolosa.
“Ni el fiscal (Gertz Manero) sería capaz de pedirme una cosa así, ni yo estaría dispuesta a hacer un favor de esa manera donde se pudiera llegar a torcer la ley” dijo Godoy en una entrevista radiofónica en marzo de 2022.
Accidentes del Metro: En lo que va de la administración capitalina, se han registrado distintos accidentes en el Sistema de Transporte Colectivo Metro, cuyas resoluciones no fueron bien aceptadas por algunos sectores.
En el caso de los choques de las líneas 1 y 3 del Metro ocurridos en 2020 y 2023, la fiscalía de la Ciudad de México adjudicó el tema directamente a errores humanos atribuibles a los propios conductores, por lo que el sindicato del Metro fue uno de los primeros en alzar la voz contra la autoridad, pues señaló falta de mantenimiento de este sistema de transporte.
En enero de 2021 se registró un incendio en el Puesto Central de Control que dejó sin operación a seis líneas. la Fiscalía reservó la información por tres años sobre este caso
Controversia con Fiscalía de Morelos: El feminicidio de la joven Ariadna Fernanda López, desaparecida en la Ciudad de México y cuyo cuerpo fue hallado en la carretera a Tepoztlán, Morelos en 2022, ocasionó una ficción institucional entre las fiscalías de Morelos y capitalina.
Mientras la fiscalía de Morelos afirmó que la muerte de la joven se trató de una broncoaspiración, la fiscalía capitalina realizó una nueva necropsia en la que se confirmó el feminicidio. La jefa de gobierno Claudia Sheinbaum solicitó a Ernestina Godoy dar vista a la Fiscalía General de la República (FGR) ante el posible encubrimiento por parte de la Fiscalía de Morelos.
Corrupción Inmobiliaria en Benito Juárez: Desde agosto de 2022, la fiscalía de la Ciudad de México inició una investigación en contra de distintos funcionarios y exfuncionarios involucrados en presuntos casos de corrupción inmobiliaria, los cuales operaron en favor de empresas para la construcción de inmuebles en Benito Juárez.
Resultado del mismo fue la detención de una decena de exfuncionarios de la demarcación, entre ellos, Christian Von Roehrich ex jefe delegacional (de 2015 a 2018).
La indagatoria también se extendió al alcalde de Benito Juárez Santiago Taboada, quien acusó a la fiscal Ernestina Godoy de abrir 15 indagatorias en su contra por secuestro y desaparición forzada.