La salida de Gertz Manero estuvo marcada por la tensión en el Senado de la República, pues el artículo 24 de la Ley de la Fiscalía General de la República (FGR) señala que la renuncia de un fiscal procede solo si existe una causa grave.
El paso de Alejandro Gertz Manero al frente de la FGR estuvo marcado por diversas controversias, entre las que destaca la acusación de utilizar la justicia con fines personales. Según las denuncias, un ejemplo de ello fue la encarcelación de su excuñada, Alejandra Cuevas Morán, y su hija, bajo cargos relacionados con el homicidio de su hermano, Federico Gertz Manero.
Además, Gertz Manero es señalado por el exconsejero jurídico de la Presidencia Julio Scherer Ibarra de presunto tráfico de influencias, asociación delictuosa y coalición de servidores públicos. Sin embargo, la denuncia presentada por Scherer fue posteriormente retirada.
Otras de las polémicas del fiscal se dio luego de que el escritor Guillermo Sheridan documentara presuntos plagios en la biografía de Guillermo Prieto escrita por Gertz Manero.
Al frente de la FGR fue nombrada Ernestina Godoy, con quien la presidenta Claudia Sheinbaum asegura que habrá mayor coordinación.