El Instituto Nacional de Migración (INM) es una de las instituciones del Estado mexicano con más quejas por violaciones a derechos humanos. El órgano a cargo de Francisco Garduño se ubica en el lugar tres en el Sistema Nacional de Alerta de Violación a los Derechos Humanos, solo detrás del Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) y del Órgano Administrativo desconcentrado de Prevención y Readaptación Social de la Secretaría de Seguridad Pública y Protección Ciudadana (SSPyPC).
Durante el 2022, el INM recibió 2,141 quejas por presuntas violaciones a derechos humanos, que representan el 16% de las quejas acumuladas entre las 10 instituciones con más denuncias.