El 1 de junio del 2021, en el marco del Día de la Marina, López Obrador entregó el control a la Semar de los puertos y aduanas del país, y anunció que a partir del 5 de junio de ese mismo año, se unificarían la Marina Mercante y la Marina Armada de México.
La Marina tiene a su cargo 17 aduanas marítimas y dos al interior del país, entre estas la de Ensenada, Guaymas, La Paz, Mazatlán, Manzanillo, Lázaro Cárdenas, Acapulco, Salina Cruz, Coatzacoalcos, Cancún, Dos Bocas, Progreso, Ciudad del Carmen, Veracruz, Tuxpan, Tampico, Altamira, Pantaco y el Aeropuerto Internacional de la Ciudad de México (AICM).
Desde julio de 2020, López Obrador señaló que su decisión de dar a la Marina esta tarea respondía al mal manejo que se había hecho de los puertos y aduanas, por donde se introducía droga y contrabando.
"Esto explica por qué los atentados, los homicidios en Colima y en otras partes del país. Vamos a actuar renovando, limpiando todos los sistemas de puertos y aduanas del país”, dijo en ese entonces.