Y fue en junio de 2017, todavía en el gobierno de Peña Nieto y con una Procuraduría General de la República en el país, cuando un grupo de periodistas y defensores de derechos humanos denunciaron públicamente que sus teléfonos habían sido infectados con el sofisticado software. Se abrió una investigación al respecto, pero quedó archivada.
Tras el escándalo, el actual presidente Andrés Manuel López Obrador ha asegurado en diversas ocasiones que su gobierno no hace uso de Pegasus ni ningún otro software de espionaje, por lo que los contratos detectados en la FGR encienden las alertas entre la sociedad civil.
La organización civil Red para la Defensa de los Derechos Digitales (R3D) señala que, si bien la adquisición de estos programas no es ilegal y su uso se justifica para el combate a la delincuencia organizada, también podrían ser utilizados de forma arbitraria, violando el derecho a la privacidad y la presunción de inocencia.
Además, enfatiza la R3D, aunque este tipo de software no está absolutamente prohibido en México, sí existen límites estrictos en cuanto a las actividades de vigilancia, pues en algunos casos constituye una vigilancia masiva que violenta los requisitos de necesidad, proporcionalidad y autorización judicial.