La auditoría a la Cuenta Pública de 2016 identificó un probable daño o prejuicio por un monto de 708.6 millones de pesos por la falta de comprobación y terminación de esos trabajos. Del monto, fueron aclarados 687.8 mdp, el 97%, pero aún falta el 3%.
Hasta octubre de 2017, de acuerdo con el dictamen emitido el 15 de enero de 2018, cuando concluyeron los trabajos de la Auditoría, se dijo que "en términos generales, el INIFED no cumplió con las disposiciones legales y normativas aplicables en la materia".
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El documento detalla que el FONDEN autorizó los recursos para rehabilitar, reconstruir y equipar 666 escuelas afectadas por seis fenómenos naturales ocurridos en 2013 y 2014, y hasta octubre de 2017 se habían ejercido 1,600 mdp para rehabilitar 425 escuelas, de las cuales 37 están concluidas y 388 se encontraban en proceso; los restantes 1,039 mdp eran para concluir estas últimas y para iniciar la rehabilitación de otras 241 escuelas.
Es decir, que entre octubre de 2017 y por lo menos septiembre de este año, se avanzaron en los trabajos, presentaron las aclaraciones correspondientes y se recuperó la mayor parte de los recursos, aunque a la fecha siguen sin recuperarse 20.8 mdp.