Fue liberada gracias a un amparo de la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN), que determinó el delito por el que fue aprehendida ni siquiera existe en el Código Penal y vicios en el proceso de la Fiscalía CDMX.
Así mismo la fiscal fue criticada en la investigación por el colapso de la Línea 12 del Metro ocurrido en mayo de 2021, ya que la entonces directora del Metro, Florencia Serranía, no fue llamada a declarar, tampoco la entonces jefa de Gobierno, Claudia Sheinbaum, ni representante alguno de Carso, grupo que construyó el tramo del siniestro.
Godoy fue señalada de actuar parcialmente en la investigación por plagio en la tesis de la ministra de la Suprema Corte, Yasmín Esquivel, pues determinó el no ejercicio de la acción penal; en contraste, la Fiscalía capitalina sí proceso y tuvo detenida en el Reclusorio de Santa Martha Acatitla a Viviana Salgado, acusada de “sabotaje” luego de que se le cayeran unas aspas para lavadora –hechas de plástico– a las vías del Metro en enero de 2023.
Se suma el caso de Maria Isabel Cal y Mayor Barrios, contra quien la Fiscalía CDMX solicitó su extradición desde España a México para procesarla por el delito de homicidio en grado de parentesco por la muerte del hijo de José María Riobóo, uno de los empresarios más cercanos del presidente Andrés Manuel López Obrador y casado con la ministra Esquivel.