El 16 de enero de 2015, "El Cepillo" fue detenido por elementos del Ejército Mexicano y de la Policía Federal (PF) en el municipio de Jiutepec, Morelos.
Felipe Rodríguez Salgado fue quien supuestamente dio la orden de pulverizar los huesos calcinados de los normalistas de Ayotzinapa para ser depositados en bolsas de basura negras que serían arrojadas al río San Juan, según dijo en su momento el exprocurador general de la República, Jesús Murillo Karam.
También se le señaló como la persona que dio la orden de quemar la ropa que los ejecutores de los normalistas traían puesta, “para que no quedara rastro de nada”.
El 19 de enero de 2017, la PGR determinó que dos personas Investigadas por la desaparición de los normalistas pudieron haber sido torturadas, entre ellas "El Cepillo".
La Procuraduría explicó en ese momento que "El Cepillo" presentaba algunas lesiones que pudieron tener correspondencia con ciertas maniobras o acciones de tortura física, sin embargo, se resalta que él mismo se negó a que se le realizará la evaluación psicológica obligatoria, tal y como lo establece el Protocolo de Estambul.
El Protocolo de Estambul es una guía Internacional en derechos humanos para la valoración médica y psicológica de una persona que se presuma o haya sido víctima de tortura o algún maltrato durante su detención o proceso penal.
El 26 de septiembre de 2018, el juez primero de distrito de procesos penales federales con residencia en Matamoros, Tamaulipas, ordenó dejar en libertad a Felipe Rodríguez Salgado.
En julio de 2020, fue difundido un video que mostraba al exdirector de la Agencia de Investigación Criminal (AIC), Tomás Zerón, haciendo un interrogatorio de manera irregular a Felipe Rodríguez Salgado.
El material, difundido por el periodista Ciro Gómez Leyva, habría sido grabado antes de que "El Cepillo" fuera presentado ante el Ministerio Público. En él se ve a Tomás Zerón vestido de negro, acompañado de otros agentes, mientras interrogan al presunto autor material de la desaparición de los normalistas.
"El Cepillo" aparecía esposado en dicha grabación, sin camisa, con una tela en la cabeza y sentado en una silla, mientras Zerón le hace preguntas sobre el paradero de los estudiantes desaparecidos en septiembre de 2014.
En abril de 2023, la Fiscalía General de la República (FGR) acusó formalmente al exprocurador General de la República, Jesús Murillo Karam, de haber torturado a "El Cepillo".
Murillo Karam fue vinculado a proceso el 22 de abril de 2023. Tras estar un año en la cárcel, en 2024, un juez decidió otorgarle prisión domiciliaria.
Mientras que en febrero de 2024, el extitular de la AIC, Tomás Zerón de Lucio, reapareció en un documental de la BBC, en el que negó haber torturado a "El Cepillo".
"Se ve que yo lo amenacé, ok, pero nunca lo torturé, yo era el jefe de la Agencia de Investigación Criminal, yo no tenía necesidad de torturar a nadie", aseguró el exfuncionario, quien actualmente está prófugo en Israel.
