Sin embargo, perdió ante Omar García Harfuch, secretario de Seguridad local que ganó en las encuestas internas, pero cedió la candidatura a Clara Brugada, ex alcaldesa de Iztapalapa, para que Morena cumpliera con la paridad de género en sus postulaciones a cargos de elección popular.
Como subsecretario de salud fue nombrado entonces Ruy López Ridaura, quien fuera director del Centro Nacional de Programas Preventivos y Control de Enfermedades (Cenaprece).
Aunque en 2020 aseguró que no buscaba un cargo de elección popular, López-Gatell cambió de parecer el año pasado.
No ganó la candidatura al gobierno capitalino, pero su aspiración generó polémica. Cuando anunció su intención de participar en la interna de Morena, un grupo de académicos, encabezados por el biólogo de la Facultad de Ciencias de la UNAM, Antonio Lazcano Araujo, publicó una carta en la plataforma Change.org en contra de la candidatura de López-Gatell.