Abarca Velázquez fue detenido el 4 de noviembre de 2014 en la Ciudad de México y trasladado al Centro Federal de Readaptación Social No. 1 Almoloya, El Altiplano.
El 16 de diciembre de 2020 fue vinculado a proceso por su presunta responsabilidad en los delitos de delincuencia organizada y operaciones con recursos de procedencia ilícita.
El pasado 26 de agosto de 2022, el subsecretario de Gobernación, Alejandro Encinas, señaló en el informe de la Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia del Caso Ayotzinapa que Abarca es identificado como “A1”, quien presuntamente instruyó el ataque contra los normalistas y la recuperación de droga que iba en uno de los autobuses tomados por los estudiantes para dirigirse a la Ciudad de México, en el marco de la conmemoración del 2 de octubre.
Además destacó entonces que Abarca Velázquez permanecía detenido por el homicidio del dirigente Arturo Hernández Cardona: "Ese homicidio se le atribuye al entonces presidente municipal José Luis Abarca, que está detenido justamente por este delito, no por el delito de desaparición, sino por el homicidio de Hernández Cardona".