En septiembre de 2021, un juez de Distrito en Materia Administrativa de la Ciudad de México otorgó un amparo en el que ordenó al presidente Andrés Manuel López Obrador, a los legisladores y a la SEP garantizar los recursos necesarios para las escuelas del programa La Escuela es Nuestra.
Ante la publicación del acuerdo, la organización civil Mexicanos Primero acusó que la SEP y el gobierno federal no solo incumplen el mandato judicial, sino la promesa hecha al aprobar el Presupuesto de Egresos de la Federación (PEF) 2021 de mantener los objetivos de las escuelas de tiempo completo.
"En el contexto de regreso a clases presenciales, las escuelas de tiempo completo tenían la oportunidad de ser el vehículo para revertir la desnutrición y malnutrición, así como la recuperación de aprendizajes académicos y la salud socioemocional de niñas, niños y adolescentes", lamentó la organización en un pronunciamiento.
Asimismo, consideró que, desde ahora, La Escuela es Nuestra es abiertamente un "programa de albañilería" con fines electorales que, aún teniendo como objetivo la mejora de la infraestructura, no contempla ningún enfoque específico que priorice la atención a los problemas que han obstaculizado el regreso a las aulas.