A finales de ese año, durante la fiscalización del gasto ordinario del partido en 2015, la primera auditoría del gasto anual de los partidos hecha ya con las reglas establecidas en la reforma político-electoral del 2014, el partido fue sancionado con 47.99 millones de pesos por irregularidades en sus gastos, entre las que se encontraban falta de pago de impuestos, gasto en objetos no partidistas, gastos no reportados ante la autoridad electoral, entre otras anomalías.
En las elecciones del 2017, año en que se renovaron las gubernaturas de Coahuila, Nayarit y Estado de México, Morena fue el partido más sancionado, con 158 millones de pesos.
Respecto a la fiscalización de sus gastos ordinarios de 2016, Morena recibió 97.1 millones de pesos en multas, lo cual lo convirtió en el tercer partido más multado.
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En las precampañas federales de 2018, el partido guinda fue castigado con 3.4 millones de pesos; mientras que, en la fiscalización de las campañas de ese año, incluidos los comicios de la Presidencia de la República, así como las dos cámaras del Congreso, Morena fue sancionado con 139.5 millones de pesos, lo cual lo convirtió en el segundo partido más multado, tras el PRI, que recibió 186 millones de pesos en multas.
Una de las principales irregularidades de la campaña de Morena fue el reporte tardío de los gastos e ingresos de campaña del entonces candidato López Obrador, a quien le llevaba las finanzas Alejandro Esquer, su actual secretario particular, lo cual causó irritación al interior del INE.
“Congelar la rendición de cuentas (…) afecta las capacidades de trabajo de la autoridad electoral”, denunció en su momento el consejero Ciro Murayama, entonces presidente de la Comisión de Fiscalización, tras denunciar que Morena y su candidato presidencial no rendían cuentas a tiempo.
Ese mismo año, el INE decidió multar con 197 millones de pesos a Morena por el mal uso de su fideicomiso “Por los Demás”, el cual supuestamente iba a ser usado para ayudar a los damnificados por los sismos, ya que se detectó que presuntamente se utilizó para triangular recursos en efectivo.
En concreto, el Instituto halló que al fideicomiso entraron 78.8 millones de pesos, de los cuales 44.4 millones entraron en efectivo en una serie de movimientos en los cuales no se pudo conocer su origen ni su destino.