La llegada de López Obrador a la Presidencia puso de nuevo en la mira al dirigente petrolero y revivió señalamientos en su contra. Desde que era candidato a la Presidencia aseguró que en el sindicato de Pemex “ya no habría dirigentes apoyados por el gobierno” y que se iba a acabar con el "cacicazgo" en el sindicato. "Ya se van a terminar los problemas en el sindicato, porque va a haber democracia sindical", dijo.
En febrero de 2019, el Movimiento Petroleros Activos en Evolución por un México Nuevo denunció ante la entonces Subprocuraduría Especializada en Investigación de Delincuencia Organizada (SEIDO) por delincuencia organizada, operaciones con recursos de procedencia ilícita, defraudación fiscal y enriquecimiento ilícito.
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Posteriormente, legisladores de Movimiento Ciudadano lo denunciaron ante la Fiscalía General de la República (FGR) por robo de combustible, secuestro, venta de plazas, desvío de recursos, enriquecimiento ilícito, delincuencia organizada, operaciones con recursos de procedencia ilícita, evasión y defraudación fiscal, peculado y nepotismo.
Cinco meses después, su nombre volvió a acaparar la prensa nacional, tras la detención de su abogado, Juan Collado, quien fue vinculado a proceso por los delitos de lavado de dinero y delincuencia organizada.