En diciembre de 2025, Jaime Bonilla fue inhabilitado por el Tribunal Estatal de Justicia Administrativa durante tres años debido a un caso relacionado con su gestión como gobernador.
Entre 2012 y 2015, se desempeñó como diputado federal y, más tarde, fue elegido senador por Baja California. Inicialmente representó a Morena, pero cambió de partido y se unió al Partido del Trabajo (PT).
En mayo de 2023, el Consejo Estatal de Morena en Baja California solicitó a la Comisión Nacional de Honestidad y Justicia retirarle los derechos partidistas a Bonilla, luego de que decidió aceptar el cargo en el PT.
Entre las razones que se dieron para avalar la salida de Bonilla está el aceptar el cargo petista, sin presentar antes su renuncia oficial a Morena. Además, la decisión se tomó de manera “preventiva” para evitar que, en caso de que los resultados no le favorecieran en el petismo, no buscara reincorporarse al partido guinda.
Uno de los momentos más polémicos de su mandato como gobernador se dio con la llamada "Ley Bonilla". Durante su tiempo en el cargo, promovió una reforma constitucional que buscaba ampliar su periodo de gobierno de dos a cinco años. Sin embargo, la reforma fue declarada inconstitucional por la Suprema Corte de Justicia de la Nación.