López Obrador perdió la contienda y aseguró entonces, que el llamado del EZLN influyó en el resultado.
A principios de 2006, el EZLN inició así con la llamada "La Otra Campaña", con la cual visitó varios estados del país buscando escuchar a las personas y realizar alianzas con movimientos de izquierda no electorales.
El Ejército Zapatista emprendió así una contracampaña a la presidencial y marcó, una vez más, su distancia con todos los contendientes y todos los partidos políticos.
El distanciamiento entre el subcomandante Marcos continuó en los años y campañas presidenciales siguientes de López Obrador, tanto en la de 2012 como en la de 2018.
En la elección de 2012, López Obrador pretendió acercarse a los zapatistas.
"Les extiendo mi mano franca en señal de respeto y reconciliación", dijo en Chiapas.
Pero la respuesta del subcomandante Marcos fue: "Uno de los tres bribones que habrán de disputarse el trono sobre los escombros de México ha venido a nuestras tierras a demandarnos silencio", escribió.
López Obrador "no acaba de madurar y reconocer sus errores y tropiezos", agregó Marcos.
Con ello hizo alusión al llamado que en noviembre de 2011, durante una gira por Chiapas, López Obrador lanzó hacia al EZLN y al subcomandante Marcos, para no descalificarlo y no repetir el llamado que hizo a sus seguidores para no votar por él , como sucedió en las elecciones de 2006.
En 2016, una nueva oportunidad llegó para que López Obrador y el subcomandante Marcos limaran asperezas, pero tampoco llegaron a aliarse.
Pues mientras López Obrador se alistaba por contener por la Presidencia de México por tercera ocasión, el EZLN se alistaba para postular a su propia candidata: María de Jesús Patricio, conocida como “Marichuy”.
Si bien Marichuy se quedó lejos de juntar los apoyos necesarios para aspirar a una candidatura independiente para la Presidencia de México, el EZLN se mantuvo firme en su distanciamiento con López Obrador.
Luego de que el domingo 1 de julio de 2018, AMLO fue electo presidente de México, las críticas de Marcos contra el mandatario federal no se hicieron esperar y unos días después, el 6 de julio de 2018, el subcomandante aseguró que con la llegada de AMLO a la Presidencia, la situación del país no cambiará y por el contrario, habrá desilusión.
En octubre de 2018, el EZLN volvió a expresar su rechazo al futuro gobierno que encabezaría López Obrador, al considerar que continuará con una política neoliberal que tiene la mirada puesta en sus territorios.
Los zapatistas criticaron desde entonces varios de los planes del presidente como el programa Sembrando Vida; la consulta ciudadana para decidir el futuro del NAIM; y el dejar la "puerta abierta" a las mineras que, señalaron, tienen confeccionadas grandes extensiones de los territorios indígenas.
Para enero de 2019, la postura de Marcos y el EZLN se mantenía firme, oponiéndose a más proyectos del presidente como como la puesta en marcha de la Guardia Nacional y la construcción del Tren Maya.
En ese entonces, López Obrador respondió a las informidades del EZLN y aseguró que respetaría su opinión y escucharía a todos.
Cuestionado sobre si tiene diferencias personales con el subcomandante Marcos, el mandatario federal rechazó estar confrontado con él o con cualquiera que sea representante de algún movimiento social.
“No tengo conflictos con el subcomandante Marcos, lo vi cuando estaba yo por entrar a dirigir el PRD ya tiene algún tiempo, lo vi en San Cristóbal la última vez antes también lo vi en Guadalupe Tepeyac. Lo he visto dos veces o tres veces, pero no tengo ningún problema con él ni con ningún dirigente del zapatismo”, dijo entonces.
Es así que en seis años de gobierno del presidente López Obrador, el EZLN y su vocero, el subcomandante Marcos, han mantenido una postura crítica al gobierno de López Obrador y más recientemente ante los resultados de las pasados elecciones del 1 de junio, en donde la candidata morenista Claudia Sheinbaum resulto electa como presidente.
