Sin embargo, una parte de ese incremento en el costo de la megaobra se explicaría por los pagos “en exceso” en acero, según consta en la auditoría aplicada a la construcción de plataforma y vía del Tren Maya, Tramo 1, Palenque-Escárcega, en los estados de Chiapas, Tabasco y Campeche, según la cual hubo “pagos en exceso en el suministro de acero de 1,169,132.7 miles de pesos”.
En esa misma auditoría, de acuerdo a la ASF se detectó la deficiente planeación de los trabajos a ejecutar pues en la licitación del contrato Fonatur “no contempló la construcción de las estaciones Palenque, Boca del Cerro, El Triunfo y Escárcega, los viaductos Tenosique, Candelaria y Escárcega, la zona arqueológica y los Centros de Atención al Visitante (CATVIS)” pese a que todo eso estaba en el “Análisis del Costo Beneficio del proyecto”, base de toda la megaobra.
En tanto, en la revisión de construcción de plataforma y vía del Tren Maya, Tramo 6, Tulum-Chetumal, en el estado de Quintana Roo, la ASF revisó el cumplimiento a inversiones físicas y detectó que la Secretaría de Infraestructura, Comunicaciones y Transportes (SICT) estuvo prácticamente fuera de la planeación del Tramo 6 del Tren Maya.
En ese caso la ASF asentó "la ausencia de contar con un proyecto ejecutivo con los planos debidamente autorizados y firmados por las instancias competentes del Fonatur y de la SICT del Tramo 6 del Tren Maya, con todos sus componentes técnicos y planos de detalle de viaductos, pasos vehiculares, pasos de fauna, obras de drenaje, laderos, estaciones, paraderos y Centros de Atención a Visitantes, etc., toda vez que únicamente se proporcionaron los planos firmados por el Fonatur y la Sedena”.
También hubo irregularidades, pues si había planeación pero fue deficiente, en la construcción de Plataforma y Vía del Tren Maya, Tramo 4, Izamal-Cancún, en los estados de Yucatán y Quintana Roo, caso en el que “se pagaron trabajos innecesarios (estructuras, autopista y plataforma de vía) con antelación a la modificación en el trazo de la vía hacia Cancún”.
En ese caso se determinaron pagos en exceso por 286,261,000 pesos “debido a la diferencia del costo en la integración de diversos precios unitarios” que ya habían sido recalculados en 2021 “sin embargo, durante la Cuenta Pública 2022, se continuaron pagando con los precios unitarios del contrato”.
En esa misma revisión se halló un pago indebido por 15 millones 58,400 pesos “por deficiencias de calidad en el pavimento de la autopista, ya que con las pruebas del Índice de Perfil se consideran tramos inaceptables y no se aplicaron las sanciones correspondientes”.