La persona titular de la Dirección General o Rectoría de la ULIM deberá ser designada y podrá ser removida por la persona titular del Ejecutivo Federal o, a su indicación, mediante la Coordinadora de Sector por la Junta de Gobierno. Durará en su cargo tres años y podrá ser confirmado hasta para un segundo periodo inmediato.
Actualmente la ULIM está albergada en un edificio del Coneval, al sur de la Ciudad de México, en tanto se construyen sus instalaciones definitivas en Milpa Alta.
Cuenta con un comedor donde las y los estudiantes, así como investigadores y académicos, recibirán los tres alimentos; además, otros dos pisos con aulas, cubículos para docentes, espacios para el personal administrativo y directivo, biblioteca, salas de justas y áreas recreativas.
La universidad inicia operaciones con la licenciatura en Enseñanza de las Lenguas Indígenas y se prevé que en 2024 estén iniciando otras tres carreras universitarias: Traducción e Interpretación en Lenguas Indígenas, Literatura Indígena y Comunicación Indígena Intercultural.
La ULIM fue una de las promesas realizadas por el presidente desde 2020. Fue así que en marzo de 2022, el gobierno de México anunció que la ULIM, abrirá sus puertas a partir del 21 de marzo de 2023 con una oferta de cuatro licenciaturas.
Sin embargo esto no ocurrió así, sino casi siete meses después de la fecha anunciado y con la oferta de una sola licenciatura y 64 estudiantes inscritos.
