En febrero de 2019, el subsecretario de Derechos Humanos, Alejandro Encinas, dio a conocer que el GIEI volvería a formar parte de la investigación sobre los hechos ocurridos el 26 y 27 de septiembre de 2014 en Iguala, Guerrero.
La reinstalación se da a más de tres años de que los cinco integrantes del Grupo Interdisciplinario tuvieran que abandonar el país debido a que el gobierno del entonces presidente Enrique Peña Nieto decidiera no prorrogar su trabajo en el caso Ayotzinapa.
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En abril de 2016, antes de partir, los expertos Claudia Paz, Alejandro Valencia, Ángela Buitrago, Carlos Beristain y Francisco Cox entregaron a los padres de los 43 normalistas su segundo informe, en el que sostuvieron la imposibilidad de que los jóvener pudieran haber sido incinerados en el basurero de Cocula, como afirmó la Procuraduría General de la República (PGR, hoy Fiscalía General).
En el mismo informe, el GIEI denunció obstáculos por parte del gobierno de Peña Nieto.