Granier y su hijo han estado involucrados en problemas legales.
El 12 de junio de 2013, el exgobernador fue detenido en la Ciudad de México tras ser citado a comparecer en la entonces Procuraduría General de la República (PGR), acusado de evasión fiscal.
Un mes después, fue trasladado a Tepepan, donde permaneció hasta el 17 de enero de 2019, cuando un juez, con base en su edad —70 años—, le dictó prisión domiciliaria. Meses después, recibió una sentencia de libertad absoluta.
Su hijo Fabián fue acusado del delito de defraudación fiscal equiparable. En abril de 2016, fue detenido por esta acusación, aunque 12 días después obtuvo su libertad bajo fianza.
En diciembre de 2018, Granier Calles volvió a prisión por supuestamente evadir el pago del Impuesto Sobre la Renta sobre sus ingresos reales. Cuatro meses después de estar en el Centro de Readaptación Social del Estado, logró recuperar su libertad.