Polémicas durante la gestión de Hazael Ruiz
Durante la administración de Ruiz se registraron fugas e intentos de amotinamiento en penales, así como amenazas en su contra.
En septiembre de 2019, se registró un intento de motín en el Reclusorio Oriente, donde resultaron heridos al menos tres internos por arma punzocortante. En octubre del mismo año se registró el fallecimiento de un reo tras recibir golpes.
En enero de 2020, tres reos integrantes del Cártel de Sinaloa se fugaron del Reclusorio Sur, supuestamente con la complicidad de funcionarios del sistema penitenciario. Los fugados fueron identificados como Víctor Félix Beltrán, operador financiero del cártel; Luis Fernando Meza, cuñado de Joaquín 'el Chapo' Guzmán, y Yael Osuna.
En febrero de 2021, elementos de la SSC llevaron a cabo un operativo en los reclusorios Oriente y Sur, donde fueron hallados en celdas televisores, radios, dinero en efectivo y celulares, aun cuando estos objetos están prohibidos. Un reo incluso tenía un tucán como mascota.
También se han registrado amenazas contra Ruiz por parte de miembros de organizaciones criminales. En 2019, se colocaron cabezas de cerdo e incluso cuerpos humanos en inmediaciones del Reclusorio Norte y del penal de Santa Martha, con mensajes dirigidos a los responsables del sistema penitenciario.