Rocha Moya es señalado por Estados Unidos dentro de una presunta estructura de protección política y gubernamental relacionada con Los Chapitos, una facción del Cártel de Sinaloa.
De acuerdo con la acusación, cuando Rocha Moya buscaba la gubernatura en 2021 habría sostenido reuniones con Iván Archivaldo y Ovidio Guzmán, hijo de Joaquín Guzmán Loera, ''El Chapo''. Los fiscales estadounidenses sostienen que en esos encuentros se habría planteado un acuerdo: Los Chapitos apoyarían su candidatura y, a cambio, Rocha Moya permitiría la colocación de funcionarios favorables al grupo y le garantizaría condiciones para operar sin interferencia de las autoridades.
La acusación sostiene además que el respaldo del grupo criminal no habría sido únicamente financiero o político. Según los fiscales, integrantes de Los Chapitos habrían intervenido durante el proceso electoral mediante amenazas, intimidaciones y robo de boletas y urnas de candidatos opositores. El documento también afirma que policías estatales habrían recibido instrucciones de no intervenir ante algunos de esos hechos.
La tesis de los fiscales estadounidenses va más allá de la elección. Según la acusación, después de que Rocha Moya ganó la gubernatura habría existido otro encuentro con integrantes de Los Chapitos en el que se habría acordado que el grupo tendría control sobre la policía estatal de Sinaloa.
El documento señala asimismo que, durante su administración, Los Chapitos habrían conseguido influencia sobre distintas instituciones de seguridad y procuración de justicia, entre ellas la Fiscalía estatal, la Policía de Investigación, la Policía Estatal y corporaciones municipales de Culiacán.