Encinas es un político y economista formado en la izquierda. Antes de ser propuesto para la OEA, era parte del gabinete de la jefa de Gobierno, Clara Brugada, como Secretario de Planeación, Ordenamiento Territorial y Coordinación Metropolitana.
Durante el sexenio de Andrés Manuel López Obrador, se desempeñó como Subsecretario de Derechos Humanos, Población y Migración (diciembre de 2018 a octubre de 2023).
En este cargo tuvo un papel importante en la investigación del caso de desaparición de los 43 normalistas de Ayotzinapa, ocurrido durante el sexenio de Enrique Peña Nieto, al encabezar la Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia (CoVAJ) del Caso Ayotzinapa.
En segundo informe de la CoVAJ, presentado en septiembre de 2023, Encinas informó que se trató de un crimen de Estado, pues las autoridades municipales, estatales y federales tuvieron conocimiento y permitieron la desaparición y ejecución de los estudiantes. Renunció al cargo como subsecretario de Derechos Humanos en octubre de ese año.
Encinas ha sido legislador en varias ocasiones: de desempeñó como diputado local en el Congreso de la Ciudad de México solo de septiembre a octubre de 2018; fue senador de la república de 2012 a 2018; trabajó como diputado federal en las legislaturas de 2009, 1991 y 1985.
También fue presidente de la Mesa Directiva de la Asamblea Constituyente, encargada de crear la Constitución de la Ciudad de México aprobada en enero de 2017.
