Pese a que en este periodo, que corresponde mayoritariamente al sexenio del ex presidente Andrés Manuel López Obrador, tanto el gobierno federal como la CNDH reiteraron que se respetaban los derechos humanos, las quejas interpuestas ante la Comisión han ido en aumento. En 2020 recibió 11,387 quejas y en 2023 19,916, lo que representó un aumento de casi 75% en ese periodo.
Las autoridades con más quejas son el IMSS, el Órgano Administrativo Desconcentrado Prevención y Readaptación Social, el Instituto Nacional de Migración, el ISSSTE, la Secretaría de Bienestar, la Comisión Federal de Electricidad (CFE), Guardia Nacional (GN) y la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena).
La mayoría de las quejas tienen que ver con cuestiones de salud, seguridad social, penitenciarias y migratorias. Sobre esos temas, la CNDH ha emitido más recomendaciones a las instituciones responsables. Sin embargo, no ha hecho lo mismo con las Fuerzas Armadas, aunque también acumulan miles de quejas, incluidas por violaciones graves a derechos humanos.
El informe del Centro Prodh expone que, de 2020 a octubre de 2024, el organismo emitió 1,160 recomendaciones, de las cuales 1,021 son ordinarias o individuales; 132 por violaciones graves, y siete generales. Se trata del mayor número de recomendaciones emitidas en la historia de la Comisión.
Pese a que recibió 1,816 quejas en contra de la Guardia Nacional, solo emitió 18 recomendaciones ordinarias contra ese organismo y 13 por violaciones graves; 10 ordinarias y 26 graves contra la Sedena, aunque acumuló 1,664 quejas. En contraste, la CNDH emitió más recomendaciones contra autoridades de salud, como el IMSS (381) y el ISSSTE (154), por falta de atención médica y por omisiones de brindar atención, cuidados o prestar auxilio.