Durante la discusión en lo particular, se presentaron 330 propuestas de todas las bancadas para modificar la reforma, pero sólo pasó la de la morenista Lidia García Anaya, que establece la figura de "jueces sin rostro" para proteger la identidad de los juzgadores que emitan sentencias en contra del crimen organizado. Sin embargo, este planteamiento es en realidad una “sugerencia” del presidente Andrés Manuel López Obrador.
“Tratándose de delincuencia organizada, el órgano de administración judicial podrá disponer las medidas necesarias para preservar la seguridad y resguardar la identidad de las personas juzgadoras, conforme al procedimiento que establezca la ley", señala la reserva que modifica el artículo 20 constitucional y que fue aprobada.
El punto más rechazado por los integrantes del Poder Judicial es el que establece que jueces, ministros y magistrados serán elegidos por voto directo. El documento avalado señala que las elecciones se realizarán en diferentes momentos.
En 2025, los 11 ministros de la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) serán destituidos para elegir a los nuevos integrantes, que serán nueve, es decir, dos menos a los que hay actualmente, y durarán en su cargo 12 años y no 15 como ahora lo es.
Los magistrados de Circuito y Jueces de Distrito serán renovados de forma gradual y escalonada y el cambio comenzará con la mitad de los cargos correspondientes a cada circuito judicial en la elección extraordinaria de 2025; la parte restante será en 2027.
Las elecciones las realizará el Instituto Nacional Electoral (INE); los candidatos podrán participar en foros organizados por ese organismo, pero no deberán usar financiamiento público ni privado en sus campañas, tampoco contratar espacios en radio y televisión para promocionarse y los partidos políticos no deberán realizar actos de proselitismo a favor o en contra de alguna candidatura.