A nivel nacional, Juárez mantuvo una carrera política que se dividió entre el Senado y la Secretaría de Gobernación (Segob), donde en octubre de 2016 fue nombrado subsecretario de Gobierno . Ahí permaneció hasta enero de 2018, cuando renunció al cargo tras la salida del secretario Miguel Ángel Osorio Chong.
El 2 de mayo de 2018 fue designado como presidente del PRI en sustitución de Enrique Ochoa Reza; dos meses después, Juárez Cisneros dejó de ser líder del PRI para coordinar a los 44 legisladores que el partido tiene en la Cámara de Diputados.
En abril de este año, Juárez Cisneros informó a través de su cuenta de Twitter que había dado positivo a COVID-19.
El político priista se une a otros personajes como la coordinadora del Programa de Becas para el Bienestar Benito Juárez, Nohemí Leticia Ánimas Vargas, quienes han fallecido por COVID-19, que a la fecha ha cobrado 238,424 vidas en más de un año de pandemia. El virus ha cobrado la vida del subdelegado del ISSSTE en Michoacán, José Manuel Mireles; del diputado Miguel Acundo González, del PES; del diputado Delfino López Aparicio, de Morena; del senador de Morena por Tlaxcala, Joel Molina Ramírez; del subsecretario de la CDMX, Avelino Méndez, y del senador por Morena, Radamés Salazar Solorio.
El Revolucionario Institucional ofreció sus condolencias a nombre de la fuerza política que lo cobijó. "Con mucho respeto y solidaridad, externamos nuestro pésame a los familiares, amigos y militancia, que acompañaron en vida a un distinguido priista", publicó en Twitter.
Por su parte, los líderes del Comité Ejecutivo Nacional (CEN) del PRI, encabezado por Alejandro Moreno y Carolina Viggiano, expresaron sus condolencias por la pérdida de René Juárez Cisneros, quien –aseguraron–deja un gran ejemplo de trabajo y amor por México.
“Lamento profundamente el fallecimiento de mi amigo el Diputado René Juárez Cisneros. Lo recordaremos siempre por su entrega en favor de nuestro Partido y por su firmeza en la defensa de México. Envío un abrazo solidario a su familia y amigos, descanse en paz”, apuntó el presidente nacional del tricolor, en sus redes sociales.