Otros conocidos narcotraficantes que estuvieron ahí fueron los jefes del extinto Cártel de Guadalajara Rafael Caro Quintero, quien dejó el penal en 2013 luego de una controvertida decisión judicial, y Ernesto Fonseca Carrillo, 'Don Neto', quien quedó libre en 2016.
A estos nombres se suman los de José Javier Antonio Vera Palestina, asesino material del periodista Héctor Félix Miranda, 'el Gato', cofundador del semanario Zeta de Tijuana; Héctor 'el Güero' Palma, exlíder del Cártel de Sinaloa, y Miguel Ángel Treviño Morales, 'el Z-40', quien fue uno de los cabecillas de Los Zetas.
El penal, que se inauguró en octubre de 1993, durante el gobierno de Carlos Salinas de Gortari (1988-1994), tenía una población actual aproximada de 400 personas, aunque contaba con una capacidad para 1,050 reos.
Pese a que el número de personas privadas de la libertad en este penal disminuyó desde 2019, este año se registró un brote de COVID-19.
El propio director del centro, Salvador Almonte Solís, contrajo la enfermedad, por lo que dejó como encargado de despacho al subdirector, Alberto Corona Baltazar. Sin embargo, este último fue asesinado a balazos el pasado 4 de junio, cuando salía del lugar y circulaba en la carretera El Salto-Agua Blanca.
El acuerdo publicado en el Diario Oficial señala que el cierre de Puente Grande es parte de las acciones del gobierno de Andrés Manuel López Obrador "para la modernización y reingeniería en materia penitenciaria".