Las dependencias que sufrirán los mayores recortes son la Secretaría de Educación, Ciencia, Tecnología e Innovación (Sectei) que recibirá 1,046 millones de pesos, un 54.37% menos de lo que se le asignó en 2020.
También la Secretaría de Cultura tendrá una reducción importante al destinarse 892 millones de pesos, un 37.92% menos; le sigue la Secretaría de Obras y Servicios cuyos recursos disminuirán un 23.25%, pues se planea asignarle 14,908 millones de pesos.
| Dependencia | Presupuesto 2021 | Reducción vs 2020 | Diferencia |
| Secretaría de Educación, Ciencia, Tecnología e Innovación | 1,046,634,860 | -1,247,208,562 | -54.37% |
| Secretaría de Cultura | 892,131,455 | -545,109,096 | -37.92% |
| Secretaría de Obras y Servicios | 14,908,555,309 | -4,516,568,891 | -23.25% |
| Secretaría de Movilidad | 1,711,384,334 | -362,653,924 | -17.49% |
| Secretaría de Turismo | 77,996,868 | -16,007,301 | -17.03% |
| Secretaría de la Contraloría General | 326,547,024 | -63,994,847 | -16.39% |
| Secretaría de Pueblos y Barrios Originarios | 120,962,215 | -21,533,866 | -15.11% |
| Secretaría de Trabajo y Fomento al Empleo | 869,761,005 | -139,981,047 | -13.86% |
| Secretaría de Desarrollo Económico | 391,456,703 | -62,772,665 | -13.82% |
| Secretaría de Gestión Integral de Riesgos y Protección Civil | 127,356,631 | -17,687,956 | -12.20% |
| Secretaría de Administración y Finanzas | 3,702,723,184 | -444,160,063 | -10.71% |
| Secretaría de Desarrollo Urbano y Vivienda | 262,805,944 | -25,779,442 | -8.93% |
| Jefatura de Gobierno | 218,775,319 | -18,134,649 | -7.65% |
| Consejería Jurídica | 1,471,885,908 | -115,980,391 | -7.30% |
| Secretaría de Inclusión y Bienestar Social | 2,392,460,130 | -173,293,103 | -6.75% |
| Secretaría del Medio Ambiente | 1,175,732,232 | -67,300,702 | -5.41% |
| Secretaría de Seguridad Ciudadana | 18,109,134,844 | -146,198,155 | -0.80% |
| Secretaría de las Mujeres | 233,054,164 | 6,296,272 | 2.78% |
| Secretaría de Gobierno | 4,810,403,513 | -182,802,464 | 3.66% |
| Secretaría de Salud | 12,135,818,177 | 768,772,676 | 6.76% |
