El director del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), Diego Prieto, afirmó que el Tren Maya permitió la más extensa investigación de salvamento arqueológico del país, por lo que se han registrado y preservado 1 millón 169,730 restos de varios tipos, lo cuales ya están en análisis para generar nuevos conocimiento sobre las civilizaciones que florecieron en el sureste mexicano y la Península de Yucatán.
Esa cantidad comprende restos de bienes inmuebles, muebles, fragmentos de cerámica, osamentas y vestigios de asentamientos humanos en seis tramos de esa infraestructura, donde el INAH trabaja en áreas adyacentes a las obras. Aclaró que sólo falta por liberar menos de un kilómetro, 3% del tramo 6.