La Sala Superior apuntó que la Permanente es un órgano legislativo, bicameral, temporal y de decisión que, durante los periodos de receso, asume funciones de la Cámara de Diputados y el Senado.
El 15 de diciembre del 2021 se instaló la Permanente. Cinco días después, los senadores que integran el denominado Grupo Plural, así como Jorge Álvarez Máynez, coordinador de MC en la Cámara de Diputados, impugnaron esta decisión ante la Sala Superior, debido a que fueron excluidos.
A propuesta del magistrado Felipe de la Mata, la Sala Superior determinó que sí era competente conocer las impugnaciones presentadas, pues están involucradas afectaciones directas al derecho político-electoral de ser electo, en su dimensión de ejercicio efectivo del encargo.
De la Mata estimó que la sentencia representa un parteaguas, porque se modifica el criterio mediante el cual fueron desechadas decisiones parlamentarias anteriores.
Movimiento Ciudadano fue excluido de la Comisión pese a contar con el 4.6% de la representación total de la Cámara, situación que, para el pleno, vulneró el derecho al ejercicio del cargo de los legisladores, pues –añadió– deben tener representación con independencia del porcentaje que haya obtenido la fuerza política.
En consecuencia, la Sala Superior ordenó a la Cámara de Diputados y a la Junta de Coordinación Política (Jucopo) que, en la próxima integración de la Comisión Permanente, las diputaciones estén representadas conforme al principio de máxima representación efectiva, determinado por los criterios de proporcionalidad y pluralidad.
El magistrado José Luis Vargas Valdez votó en contra por considerar que, al tratarse de una definición relacionada con el funcionamiento de los órganos legislativos, la competencia no es electoral, sino que se enmarca en el ámbito del derecho parlamentario.