El Gobierno de Enrique Peña Nieto vinculó a Abarca con la desaparición de los 43 estudiantes de Ayotzinapa.
De acuerdo con autoridades mexicanas, Abarca era la cabeza de una red de autoridades que trabajaban en conjunto con células criminales en Iguala.
En 2022, un juez federal de Tamaulipas decidió absolver a José Luis Abarca en el caso de la desaparición de los 43 normalistas de Ayotzinapa.
El juez Tercero de Distrito en Procesos Penales Federales de Tamaulipas, con sede en Matamoros, emitió dicha resolución luego de señalar que no existen evidencias de la plena responsabilidad del exedil en la desaparición de los estudiantes.
En octubre de 2014, José Luis Abarca Velázquez y su esposa, María de los Ángeles Pineda Villa, fueron señalados como presuntos responsables del Caso Ayotzinapa, por el entonces procurador general de la República, Jesús Murillo Karam, quien fue detenido el 19 de agosto pasado.
Abarca Velázquez fue detenido el 4 de noviembre de 2014 en la Ciudad de México y trasladado al Centro Federal de Readaptación Social No. 1 Almoloya, El Altiplano.
El 16 de diciembre de 2020 fue vinculado a proceso por su presunta responsabilidad en los delitos de delincuencia organizada y operaciones con recursos de procedencia ilícita.