Los casos y las polémicas
Al frente de la AIC, logró la detención de los señalados líderes de La Unión de Tepito y Fuerza Anti-Unión. Previo a su renuncia, el 27 de mayo, en un operativo, fuerzas federales detuvieron a Jorge Flores Concha, 'el Tortas', presunto líder de la Fuerza Anti-Unión, y a Pedro Ramírez Pérez, 'el Jamón', presunto líder de La Unión de Tepito.
También coordinó la captura en la Ciudad de México de Dámaso López Núñez, 'el Licenciado', cabeza del Cártel de Sinaloa que después fue extraditado a EU y que declaró en Nueva York en el juicio contra su compadre Joaquín 'el Chapo' Guzmán.
García Harfuch también participó en la captura de los exgobernadores Javier Duarte, en Guatemala, y Roberto Borge, en Panamá.
En 2016, padres, madres y abogados de los 43 normalistas demandaron investigar los posibles vínculos de García Harfuch con la organización criminal Guerreros Unidos.
De acuerdo con el semanario Proceso, el nombre del funcionario y su teléfono estaban en una libreta asegurada a Sidronio Casarrubias, cuando fue detenido en octubre de 2014 acusado de delitos federales. La pasada administración sostuvo que Guerreros Unidos estuvo detrás de la desaparición de los estudiantes.
Se deslinda de 'conclave' para 'fraguar la verdad histórica'
Harfuch negó haber participado en la reunión para "fraguar la verdad histórica" , en relación al caso de los 43 normalistas de Ayotzinapa. Esto, luego de que fuera señalado en la audiencia inicial del exprocurador de la República Jesús Murillo Karam ante la FGR.
"Ojalá quienes llevan las investigaciones detengan a quien hizo daño a los jóvenes en lugar de arruinar vidas y reputaciones de los que si hacemos algo por nuestro país todos los días" mencionó el secretario de Seguridad capitalina.